科学家研究出一种能让女性变美的药物，但因为生物科技的失控出现副作用，从而演变成一种被称为“美少女病毒”的传染病毒。感染者会强行亲吻其他健康人类从而传播病毒，而受感染的人无论原本性别和颜值，统统都会变成“美少女”。久而久之，世界上将不再有健康人类的存在。男主乔轲在病毒爆发后，独自一人在城市中幸存了下来。一次收集食物的过程中，他被女主所救，于是邂逅了这名拥有病毒免疫抗体的感染者-智慧种小琪。得知在另一座城市中有一个被称作“塔”的地方，那里是一帮科学家们为拯救人类而建立的隔离区。他们决定前往“塔”，以寻求拯救人类的方法，然而“塔”却埋藏着一个巨大阴谋，最终二人揭开了阴谋，打败了幕后黑手。